Если при входе в конфигуратор появляется ошибка «Нарушена целостность структуры конфигурации», то скорее всего необходимо почистить кэш пользователя на том компьютере, на котором непосредственно запускается конфигуратор. Данный кэш находится по адресам:
C:\Users\имя_пользователя\AppData\Roaming\1C\1cv8
C:\Users\имя_пользователя\AppData\Local\1C\1cv8
Необходимо удалить либо все папки с именами в виде уникального идентификатора, либо, если известен идентификатор, то удалить только эту папку.
Найти идентификатор базы можно в файле ibases, который располагается по адресу
C:\Users\имя_пользователя\AppData\Roaming\1C\1CEStart
Еще одним способом исправления ошибки может быть смена идентификатора для базы. Чтобы это сделать необходимо удалить базу из списка баз и добавить, желательно с другим наименованием. Тогда будут созданы новые папки кэша с новым идентификатором.
Если данные манипуляции не помогли, то возможно необходимо убрать изменения, которые были выполнены до получения ошибки. В моем случае такая ошибка возникла при подключении к хранилищу. Здесь будет необходим прямой доступ к СУБД. Сначала надо переименовать таблицу ConfigSave, потом создать такую же, но пустую. Таким образом будет стерта информация о наличии не применённых обновлениях.
После этого конфигуратор сможет открыться, но к хранилищу скорее всего уже не получится подключиться, поэтому надо отключиться от хранилища.