Для расследования причин возникновения таймаутов при ожидании блокировки можно воспользоваться сервисом анализа технологического журнала. Здесь указано как его настроить.
При таймауте пользователям выдается сообщение:
Конфликт блокировки при выполнении транзакции
Превышено максимальное время ожидания предоставления блокировки
После сбора технологического журнала и загрузки его в сервис, формируем произвольный запрос по таблице TTIMEOUT. Нам понадобятся поля processName, waitConnections, Context и dateTime.

В результате запроса видим список сообщений о блокировке и контекст, который не смог выполниться.

Таблицу сохраняем, формируем второй запрос, теперь по таблице TLOCK, в отборы указываем имя базы (processName) и номер соединения waitConnections из первого запроса. Поля выберем regions, locks, durationus, dateTime и context.

Получаем таблицу, по времени можно соотнести записи из первого и второго запроса. Это сведения о соединении, которое упало с ошибкой. Как правило это сообщение идет сразу же после сообщения о таймауте и имеет durationus близкое к 20с (20.000.000). 20с настраивается в конфигураторе на базу, это типовая настройка, ее менять не рекомендуется.

Здесь помимо контекста получаем еще и сведения о планируемой блокировке — имена таблиц, полей блокировки и типе блокировке — разделяемая (shared) и исключительная (Exclusive).
Теперь поищем соединение, которое заблокировало ресурсы. Делаем отбор по номеру соединения (waitConnections из первого запроса), регион возьмем из второго запроса.

При выполнении получаем контекст и время, когда была наложена блокировка. Надо искать блокировку, которая была наложена до возникновения таймаута.

Имея данные по контексту можем проанализировать причину возникновения. В данном случае причина была в том, что эксклюзивная блокировка накладывалась по полю Fld3454, при этом жертва пыталась наложить разделяемую блокировку по полю Fld3457. В качестве решения было принято отказаться от получения данных из регистра через набор записей (разделяемая блокировка) в пользу работы через запрос.
Отдельно в данном случае стоит разобраться с тем, почему блокировка так долго держится, для этого можно попробовать поискать длинные транзакции через типовые запросы.
Функционал по поиску таймаутов появился в недавней версии сервиса.